กรณีน้องสาวหลวงพ่อคูณ ยื่นหนังสือขอสรีระสังขารของหลวงพ่อคูณ กลับไปทำการฌาปนกิจที่วัดบ้านไร่ ทางกรรมการวัดบ้านไร่ ไม่มีส่วนรู้เห็น และพร้อมทำตามพินัยกรรมที่หลวงพ่อคูณเขียนไว้
นายธวัฒน์ชัย แสนประสิทธิ์ กำนันตำบลกุดพิมาน อำเภอด่านขุดทด จังหวัดนครราชสีมา ซึ่งเป็นหนึ่งในคณะกรรมการ วัดบ้านไร่ บอกว่า กรณีญาติของหลวงพ่อคูณ ไปยื่นร้องขอให้นำสรีระสังขารกลับมาทำบุญที่วัดบ้านไร่นั้น ทางคณะกรรมการไม่ได้มีส่วนรู้เห็น ไม่อยากให้ประชาชนทำเรื่องดังกล่าวไปขยายความว่า ทางคณะพระสงฆ์และคณะกรรมการวัดบ้านไร่ ต้องการหาผลประโยชน์กับหลวงพ่อคูณ แต่ความจริงเป็นเรื่องของทางญาติพี่น้องของหลวงพ่อคูณเป็นผู้ไปดำเนินการเอง ทั้งนี้หากทางคณะแพทย์ศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่นเห็นสมควรดำเนินการอย่างไร ก็ให้ดำเนินการไปตามนั้น และทางวัดบ้านไร่ก็พร้อมที่จะให้การสนับสนุนเต็มที่ในทุกเรื่อง
โดยหลังหลวงพ่อคูณละสังขาร พ่อค้าแม่ค้าที่ขายอาหารสินค้า อยู่บริเวณด้านหน้าวัดบ้านไร่ ต่างบอกว่า ประชาชนและนักท่องเที่ยวลดน้อยลง โดยชาวบ้านที่อยู่ใกล้กับวัดบ้านไร่อยากให้มีการนำสรีระสังขารของหลวงพ่อคูณมาประกอบพิธีฌาปนากิจที่วัดบ้านไร่ เพราะชาวบ้านทุกคนมีความผูกพันกับหลวงพ่อคูณมาก และอยากมีโอกาสทำบุญให้กับท่าน เพราะชาวบ้านหลายคนคงไม่สามารถเดินทางไปร่วมพิธีที่จังหวัดขอนแก่นได้