เมื่อเวลา 17.00 น. วันที่ 25 ตุลาคม พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ ถวายน้ำสรงพระศพ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ณ ตำหนักเพ็ชร วัดบวรนิเวศวิหาร ในการนี้ พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าศรีรัศมิ์ พระวรชายา ในสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ เสด็จฯร่วมในพิธีด้วย
จากนั้นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และพระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าศรีรัศมิ์ พระวรชายา ทรงจุดธูปเทียนเครื่องทองน้อยสักการะพระศพ เสร็จแล้วสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และพระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าศรีรัศมิ์ พระวรชายา ทรงรับสรงส่วนพระองค์ถวายสรงพระศพ
จากนั้น สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ทรงรับน้ำหลวงสรงพระศพจากเจ้าพนักงานพระราชพิธี พระราชทานสรงพระศพ ทรงทอดผ้าไตรแพรถวายพระศพ ถวายความเคารพพระราชอาสน์
เสร็จแล้ว เสด็จประทับพระเก้าอี้ ต่อมาสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ทรงวางพวงมาลา ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ และทรงวางพวงมาลาส่วนพระองค์ ที่หน้าพระโกศพระศพ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จวางพวงมาลา พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าศรีรัศมิ์ พระวรชายา
สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร ทรงจุดธูปเทียนเครื่องทองน้อยหน้าพระโกศพระศพ ทรงกราบ ทรงจุดธูปเทียนเครื่องนมัสการบูชาพระรัตนตรัย ทรงทอดผ้าไตร พระสงฆ์ 20 รูปสดัปกรณ์ ทรงหลั่งทักษิโณทก พระสงฆ์ถวายอนุโมทนา ถวายอดิเรก ทรงจุดธูปเทียนเครื่องบูชา กระบะมุก ที่หน้าเตียงสวดพระอภิธรรม พระพิธีธรรมจากวัดราชสิทธาราม สวดพระอภิธรรม 1 จบ
จากนั้นสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และพระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าศรีรัศมิ์ พระวรชายา เสด็จพระราชดำเนินกลับ
ทั้งนี้ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม ให้มีการพระพิธีธรรมสวดพระอภิธรรมพระศพ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ประจำทั้งกลางวันและกลางคืน รับพระราชทานฉันเช้า 8 รูป เพล 4 รูป กำหนด 7 วัน
ส่วนการไว้ทุกข์ในพระราชสำนัก ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม ให้ไว้ทุกข์ในพระราชสำนัก จาก 15 วัน เป็น 30 วัน นับตั้งแต่วันศุกร์ที่ 25 ตุลาคม ถึงวันเสาร์ที่ 23 พฤศจิกายน 2556 และโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ประดิษฐานพระศพไว้ ณ พระตำหนักเพ็ชร วัดบวรนิเวศวิหาร และถวายพระเกียรติยศตามราชประเพณีทุกประการ